Biološka varnostna omara druge stopnje je enaka kot biološka varnostna omara. Plin tudi teče od zunaj v sekundarno biološko varnostno omarico, ki se običajno imenuje priliv. Prilet preprečuje, da aerosoli, ki nastanejo med mikrobiološkimi operacijami, uhajajo iz prednjega operacijskega okna v omari v laboratorij. Vendar pa se razlikujejo od primarnih omaric za biološko varnost, saj je dovoljeno samo tok nad delovno površino samo filtriran (sterilni) zrak, ki ga filtrira HEPA. Vgrajeni ventilator črpa zrak skozi sprednjo odprtino v ohišje in v prednjo rešetko. Zato zrak, ki ga filter ni filtriral, ne bo neposredno vstopil v delovni prostor, s tem pa bi zaščitil zunanje vzorce in instrumente, shranjene v varnostni omari.
Edinstvena značilnost sekundarne biološke varnostne omare je, da filter filtriramo z vertikalnimi plastmi (neusmerjenimi) HEPA filtri in v notranjosti omare nastane navzdol zračni tok zraka. Konstanten pretok zraka lahko povzroči nastanek notranjih zračnih okužb v omari in tako ščiti vzorce, shranjene v omari, pred okužbo. Ta vrsta toka zraka se imenuje pogrezanje.
Glavna razlika med različnimi vrstami sekundarnih bioloških varnostnih omaric je, da se delež izpušnih plinov in delež plina, ki se recirkulira skozi zrak pri visokem tlaku, razlikuje. Poleg tega imajo različne sekundarne biološke varnostne omare različne načine izpušnih plinov: nekatere varnostne omare neposredno filtrirajo zrak v prostor, nekatere pa se izpraznijo skozi ohišje, ki je priključeno na namenski prezračevalni kanal ali skozi izpušni sistem stavbe. Zunaj stavbe.
Poleg zgoraj omenjenih razlik lahko vse sekundarne biološke varnostne omarice, kot so biološke varnostne omare prvega reda, zaščitijo pred operaterji in laboratorijska okolja pred škodo. Poleg tega sekundarna varnostna omara ščiti vzorce izdelkov pred kontaminacijo med mikrobnimi operacijami. Sekundarno biološko varnostno omarico se lahko uporablja pri delovanju biološkega faktorja na eni, dveh ali treh nivojih biološke varnosti.